In primii ani ai activitatii sale stiintifice, Newton s-a interesat de optica, domeniu in care a facut numeroase descoperii. Prin descompunerea lumini albe el a demonstrat ca aceasta nu este omogena , ci se compune din culorile spectrul, a explicat modul incare obiectele apar colorate si aconstruit cu propria sa mana primul telescop cu oglinda. In continuare a descoperit fenomenul interferentei luminii cunoscut astazi sub numele de inelele lui Newton si a elaborat teoria corpusculara, dupa care lumina reprezinta un flux de corpusculi forte mici. Si-a grupat rezultatele tutror cercetarilor din acest domeniu in lucrarea Optica aparuta in anul 1704, in trei volume.
Dina nul 1676 a inceput sa se ocupe de mecanica. Descoperirile fundamentale din acest domeniu sunt cuprinse in lucrarea monumentala Principiile matematice ale filosofiei naturale In primele doua volume se ocupa de mecanica teoretica ,iar cel de-al treilea de mecanica cereasca. Newton si-a formulat aici vestitele lui axiome ale miscarii, insa scopul fundamental al lucrarii este sa demonstreze legea gravitaiei, care deriva din aplicarea axiomelor macanicii la miscarea corpurilor ceresti.
Teoriile lui Newton cu privire la spatiu, timp, masa si forta au avut o influenta covarsitoare asupra dezvoltarii fizicii si abia in secolul al-XX-lea , descoperirile lui Planck si Einstein au aratat limitele legilor pe care era construita mecanica lui Newton. Cu toate acestea mecanica clasica si-a pastrat importanta deosebita mai ales in domeniul descoperirilor cu caracter practic.
In ultimii ani ai vietii a inceput din nou sa-si redacteze lucrarile si a elaborat lucrarea istorico-teologica Chronologia.In pofida renumelui pe care si-l castigase, Newton a ramas toata viata un om modest si simplu. Amurit la 31 martie1727si a fost inmormantat la Westminster Abbey.